自動引き落としといっても常に引き落とし作業をしている訳ではありません｡
例えば､午前9:00に引き落としができなければ､次は午後といった形になりますが､それは､金融機関や引き落とし先などによって違ってきます｡

相手の手元に振込で渡したいのならこちらの振込日時を詳しく教えておき振込完了とともに引き落とすということも可能でしょうが､倒産状態の口座の場合破産管財人等によって差し押さえの対象になっていると､勝手に出金することは違法となる可能性もありますので､お気を付けください｡
会社の決済上､振込でしかできない旨を先方にきちんと伝えて振り込むべきだと思いますよ｡

銀行と収納会社の契約によって違いますが､多くの場合､その日の銀行取引時間に引き落としができないと延滞処理(借金)に回ります｡そうなると延滞利息が付き､自動引き落としではなく返済手続きになります｡
いずれにしても､1年も期限が延びることはないです｡

｢相手方の振り込み先口座が上記のような状況｣というところがよくわからないんですけど､延滞による差し押さえで口座を凍結されているんだったら､振込はできません｡休眠会社だったら取引もないから､振込をすることは変です(あなたの会社が税務当局から疑われます)｡
また､倒産状態にあるところへ現金書留を送ったら､そのお金は借金返済処理に使われてしまうでしょうから､本来の役割と果たさないかもしれません｡

相手会社の財務状況をよく調べてから取引した方がいいです｡