いったん､document のどこかに DOM のｲﾝｽﾀﾝｽとしてぶら下げておいて getElementById ﾒｿｯﾄﾞで探します｡
取得した HTML の内容が見えてしまっては困るようなら､見えないようその下にぶら下げます｡

 // 例えば...
 var s = 
 "<ul>" +
 "<li id='item_1'>ITEM 1</li>" +
 "<li id='item_2'>ITEM 2</li>" +
 "<li id='item_3'>ITEM 3</li>" +
 "<li id='item_4'>ITEM 4</li>" +
 "</ul>";

 // HTML を抱える要素を作る
 var container = document.createElement("div");
 container.style.display = "none"; // 見えないようにしておく

 // HTML の内容を DOM で構築
 container.innerHTML = s;

 // BODY にぶら下げる
 document.body.appendChild(container);

 // getElementById で探す
 var e = document.getElementById("item_3");
 console.log(e.innerHTML);

 // 取っておく必要が無いのであれば､生成した DOM を削除しておく
 document.body.removeChild(container);