同時接続数が多すぎじゃないかしら?
サイトマネージャーの転送設定で最大接続数を1から4ほどに抑えてみるといいと思うわ。
http://sourceforge.jp/projects/ffftp/releases/
FFFTPはどうですか。平文でアクセスした後は、パスワードを変えればいいですね。
私もFFFTPをおすすめします。
いままでダウンロード/アップロードでファイルが漏れたことはありません。
バージョン1.98で最大同時接続数を変更できるようになりましたが、デフォルトの「1」のまま使うことをおすすめします。
http://www.koikikukan.com/archives/2012/08/14-015555.php
NextFTP4
http://www.vector.co.jp/soft/win95/net/se310339.html
ツリー表示もできる、ホームページ転送にも最適な日本語FTPソフト