iPadとiPod touchで､iCloud用のAppleIDを異なるものに変えれば､連係が解除されるのではないかと思います｡

単純にiCloudとの連携を止めたいという話でしたら､

iPod touchでの実行：
http://harikofu.blog.fc2.com/blog-entry-473.html

iCloud連携を解除＆再接続
(中略)
まず､設定をﾀｯﾌﾟします｡
iCloudをﾀｯﾌﾟします｡
ﾊﾞｰをﾌﾘｯｸして､同期を止めます｡

iCloudの設定で､同期のon/offを切り替えられます｡

iPadでも､同様の方法で連係を解除できると思います｡