パッケージ名が重複するものは同時にインストールできないはずですから、リリース版と開発版とでパッケージ名を分けてやる必要があるんじゃないかと。もしくは端末側で都度データのバックアップを取るとか。root取得済みであればTitanium Backupとかで簡単にアプリをバックアップ/復元できます。