特定のﾌｫﾙﾀﾞだけが消える事は通常ありません｡
ﾃﾞｨﾚｸﾄﾘ情報が破損して開けなくなる､あるいは開くと化けている事は考えられます｡
なんらかの人の手が加わったと考えられます｡
共有されているということですが､ｱｸｾｽﾛｸﾞが取っていればそれを確認すればどの端末からいつ削除されたかがわかりますので､管理者に確認してみましょう｡
その際にもう一点､ﾛｸﾞｲﾝ情報のﾛｸﾞが無いかも調べてもらいましょう｡
これが残っていれば､誰がｱｸｾｽしたかわかりますので､調査してもらいましょう｡

何かをｲﾝｽﾄｰﾙした場合に､ｼｽﾃﾑの復元から??日か前の状態に戻ってしまうｹｰｽが極稀にあります｡

人為的ではない場合､
･ｱﾌﾟﾘｹｰｼｮﾝｿﾌﾄｳｪｱをｱﾝｲﾝｽﾄｰﾙした時に一緒にﾌｫﾙﾀﾞや内部ﾌｧｲﾙごと消去されてしまった｡
･ﾈｯﾄﾜｰｸﾄﾞﾗｲﾌﾞを長い事使っていて､不良ｾｸﾀが溜まっていき､保存している領域にｴﾗｰが発生して消えた｡
･ｺﾝﾋﾟｭｰﾀｰｳｲﾙｽのﾌﾟﾛｸﾞﾗﾑが感染して書き換えられた｡
が考えられます｡
参照元
http://pchdddata.blog85.fc2.com/blog-category-54.html

ﾈｯﾄﾜｰｸ上で削除された場合､ｺﾞﾐ箱に完全削除になりますよね？ｺﾞﾐ箱に入っていないと言うことはこの可能性が高いでしょうか｡

http://www.iodata.jp/support/qanda/answer/s14426.htm
http://pcsupport.happy-ritaiya.net/2008/10/post_59.php

上記のｻｲﾄにあるように ｱｸｾｽﾛｸﾞの設定をしていないと 難しいです｡

あえて 調べるとしたら そのﾊﾟｿｺﾝにｱｸｾｽできる人 全員に 一人ずつ 聞いてまわるしかないです｡

ま､本当のことをいってくれればいいですけどね｡