{http://www.nintendo.co.jp/support/qanda/repair.html:title

Q 修理に出すと､本体やｿﾌﾄに保存されているﾃﾞｰﾀが消えてしまいますか？
･できる限り残したままお返しできるよう努めておりますが､修理内容によっては､本体やｿﾌﾄなどに保存されているﾃﾞｰﾀが消えたり､SDｶｰﾄﾞやUSBﾒﾓﾘｰなどの外部記録ﾒﾃﾞｨｱに保存しておいたﾃﾞｰﾀが使用できなくなる可能性があります｡あらかじめご了承ください｡
･ご購入されたﾀﾞｳﾝﾛｰﾄﾞｿﾌﾄ(追加ｺﾝﾃﾝﾂ)も､修理内容によっては､残したままでお返しできない場合がありますが､お手元にて無料で再ﾀﾞｳﾝﾛｰﾄﾞしていただけます｡※配信中止､または終了により､再ﾀﾞｳﾝﾛｰﾄﾞできないｿﾌﾄもあります｡
･Wii U/Wiiおよびﾆﾝﾃﾝﾄﾞｰ3DS LL/3DS/DSi LL/DSiでは､一部のﾁｬﾝﾈﾙでお客様の個人情報が本体に保存されます｡本体に個人情報が保存されている場合は､個人情報保護の観点から､修理内容に関係なく消去させていただきます｡

外装ﾊﾟﾈﾙとｶﾒﾗﾚﾝｽﾞの交換なら､個人情報以外は消されないのではないかと｡