商業・法人登記は、ご質問の通り、九段南の本局が管轄局となります。
なお、商業・法人登記はオンラインによる申請が可能です。
http://www.moj.go.jp/MINJI/minji60.html
登記事項証明書の取り寄せであれば、最寄りの法務局から他の登記所管轄の会社・法人のものを取得することもできます。
http://www.moj.go.jp/MINJI/minji11.html
商業・法人登記は、九段南の本局が管轄局です。
手続きによっては、郵送でも申請できる場合があります。
http://www.moj.go.jp/MINJI/MINJI90/minji90.html