一筆書きをする場合は細かな路線の指定が必要です！


千葉みなと-東京 が
総武線 武蔵野線 総武線緩行 経由だからでは？

千葉みなと-東京を京葉線経由でお願いしては？

そこで一部重複路線があるのかも...

逆にどうなおしたらいいのか駅員さんに聞けばｲｲのでは？

https://www.jreast.co.jp/ryokaku/02_hen/04_syo/02_setsu/12.html
ここでしょうか｡

(特定区間を通過する場合のう回乗車)
第159条 旅客は､普通乗車券､普通回数乗車券又は団体乗車券によつて､第70条に掲げる図の太線区間を通過する場合には､この区間をう回して乗車することができる｡
2 普通乗車券､普通回数乗車券又は団体乗車券によつて第70条第2項の規定により乗車する旅客は､第69条第1項第5号に掲げるいずれかの経路及び第70条に掲げる図の太線区間をう回して乗車することができる｡

これの解釈では､｢太線区間内であれば､券面に指定された路線以外を経由して通ることができる｡｣ということではないかと思います｡(間違っていたら申し訳ありません)
ですから御茶ﾉ水･代々木の各駅が券面に表示されていなくても下車は可能だと思われます｡

また質問者様の経路を整理させていただきますと

御宿―外房線―蘇我
蘇我―京葉線―千葉みなと
千葉みなと―京葉線―東京
【東京―総武線―錦糸町】
錦糸町―総武線―千葉
千葉―総武線―佐倉―成田線―●成田
成田―成田線―我孫子
我孫子―常磐線―日暮里
【日暮里―東北線―東京―東海道線―品川】
品川―東海道新幹線―熱海
熱海―東海道線―伊東
※赤字は太線区間

太線区間に入る駅と出る駅は指定ができますがその中は最短距離で指定されるということで､おそらく券面にはこのような表示になります｡
結局､東京駅が重複区間となり発券はできないのではないでしょうか｡

新たな提案としては､太線区間を通る回数を1回にした計画をたてると良いと思います｡
質問者様が臨時列車等を目的とされていないならば､下車したい駅と通る線を考慮して

御宿―外房線―千葉
千葉―総武線―佐倉―成田線―●成田
我孫子―常磐線―新松戸―武蔵野線―西船橋
西船橋―京葉線―市川塩浜―京葉線―東京
蘇我―京葉線―千葉みなと
千葉みなと―京葉線―東京
【東京―東海道線―品川】
品川―東海道新幹線―熱海
熱海―東海道線―伊東