蝋引きの紙は､再生の初期工程で熱をあまりかけないので､ﾖｰｸﾞﾙﾄ容器は､衛生面の問題が出ます｡
ﾌﾟﾗごみは､熱をかけて再生するので､衛生面の問題でません｡

自治体によって扱いが異なると思いますが､紙ｶｯﾌﾟはｺｰﾃｨﾝｸﾞがされているので､再生は難しいです｡できなくはないはずですが､ﾌﾟﾗｺｰﾃｨﾝｸﾞなどははがして別にする必要があります｡片面だけのｺｰﾃｨﾝｸﾞなら､通常の再生過程で紙繊維を水に溶かしてしまえますが､両面だと難しいかも｡

ﾌﾟﾗｹｰｽはそのままﾌﾟﾗなので､何の問題もありません｡
入っている中身は関係ないのです｡ﾖｰｸﾞﾙﾄだろうがｺｰﾋｰだろうが､容器の性質次第です｡

自分のところでは､紙製容器包装として紙ｶｯﾌﾟやﾎﾞｰﾙ箱は一緒に資源ｺﾞﾐになっているので再生不可能ということはないでしょうが｡
量がまとまらないと再生費のほうがかかってしまうので自治体によってはわけていないとおもいますよ｡