どこまで選べるかは式場にもよりますが､大概は礼拝堂形式の建屋はｷﾘｽﾄ教式か人前式かくらいは選べます｡
さすがに神式と共通ってことはないと思いますが､一般的なｼﾃｨﾎﾃﾙｸﾗｽなら､両ﾀｲﾌﾟの部屋を用意しているのではないかと思います｡
宗派を自由に選べるかは業者にもよると思いますが､聞けば教えてくれます｡どっちにせよ見学とかするでしょうからその時でもOK｡
拘りがあるのなら一般的な業者よりはその宗派の施設(教会なり神社なり)に申し込む方が自然だとは思いますけどね｡

あと､一般論ですが､ｷﾘｽﾄ教式だと､信徒さんでない場合は事前に何週間か通ってねってところも多いと思いますので注意｡
そういう点では神式の方が無難かなと思いますけどね｡ﾄﾞﾚｽは披露宴で着れば良いし｡
まずは式場に見学の予約をいれて､相談してみることです｡契約してからの段取りが色々あって大変なので業者さん選びは慎重に｡