基本実在するものは問題になり得るとおもったほうがいいですよ?｡
ﾄﾞﾗﾏ､ごめんね青春で堀越学園長怒り心頭？！
no title ←だれもﾀｲﾄﾙだけで中身よみにいかないみたいなんでかいときますがﾉｰﾍﾞﾙ文学賞候補に長年名の上がりつづけている文豪村上春樹が実在の町の住民がﾏﾅｰ違反したかのような小説を書き町議に｢ありえない｣と連名で抗議された話｡もちろん本人は悪意があって書いたわけではありませんが､今後は実在の町の名前を出さないということで決着しました｡

実名をﾊﾞﾝﾊﾞﾝ出す作品というと､『VIVA! CALCIO』というｻｯｶｰ漫画が思い浮かびます｡月刊少年ﾏｶﾞｼﾞﾝ(講談社)で約7年連載したらしいので､実名を使う事が不可能ではないという一例かと思います｡

小説 実在する団体

でｸﾞｸﾞればいくつも情報が出てくるんですが､URLを幾つかﾋﾟｯｸｱｯﾌﾟしておきますね｡


かなり詳しい
http://92kitsch.com/news/the-copyright-law/hizituzai-syouhin/

著作権侵害との訴えで自主回収にまで至った『ﾊｲｽｺｱｶﾞｰﾙ』という漫画作品にも触れていますが､著作権侵害が成立するかどうかの判断を仰ぐため､訴えられたｽｸｴﾆ側が自主的に法廷に持ち込んで､現在進行形で審議されている模様｡ただしこの作品の場合､｢SPECIAL THANKS｣の文字とともに無断で企業名を列挙しており､こちらを問題視する意見はかなり多く集まっているようです｡ｹﾞｰﾑのｴﾝﾃﾞｨﾝｸﾞなんかで｢SPECIAL THANKS｣の文字があれば､それは開発の一部に携わった外注さんの意味ですからねぇ…｡そのの文字を見た人は製作協力者だと思いますって､普通に考えれば｡

肯定寄り
http://okwave.jp/qa/q5086859.html
http://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q1159621086
http://sakka.org/opinion/thread/index.cgi?mode=view&no=1003

ここまで共通するのは､実在の人物や団体を悪く言うのはﾀﾞﾒだよ､という事｡なぽりんさんの提示された例も､名前を使われた事そのものではなく､堀越学園の生徒は勉強ができないという事を匂わせる､ﾏｲﾅｽｲﾒｰｼﾞを与える表現だった事を問題視しているようです｡

否定寄り
http://syosetu.org/bbs2.cgi?mode=thread&bid=19

基本的にいうと､そこの神社の人が読んで､自分たちのことだとおもって困惑する／
怒るようにはしないこと｡

たとえば､伊勢神宮とか出雲大社だったら､そこを実名にしないとｽﾄｰﾘｰが
なりたたないことはあるでしょう｡しかし､推理小説で､そこの神官が犯人だった､
などとすると抗議がくるでしょう｡

そういう意味では､実名をだしていなくても､｢何市何町｣を実名にして､そこの
神社と書くだけでも特定できますから､その神官を犯人にしてもだめですね｡
どうしても神官を犯人にしたいなら､全く特定できないようにすること｡

http://q.hatena.ne.jp/answer (ﾀﾞﾐｰ)