ｱｸﾜｲｱﾗｰとは､ｸﾚｼﾞｯﾄｶｰﾄﾞ業界の中で､
加盟店契約業務(加盟店の募集や管理など)を行う
加盟店契約会社のことを指します｡
JCBがお店などで使えるように､加盟店の募集や管理をします｡
ｱｸﾜｲｱﾗｰは､原則的に日本ではｸﾚｼﾞｯﾄｶｰﾄﾞ会社(JCB)が兼任し､
海外(Visa, Master等)ではｲｼｭｱｰである銀行か､
その銀行が専門業者に委託しています｡
そのため､日本のJCBの加盟店契約業務を行うｱｸﾜｲｱﾗｰは､
基本的には､ﾌﾟﾛﾊﾟｰJCBまたは提携JCBに関わらず､JCBです｡：
http://www.kokusen.go.jp/wko/pdf/wko-201211_01.pdf

国際ﾌﾞﾗﾝﾄﾞであり､ｱｸﾜｲｱﾗｰでもあるJCBが更に
ｲｼｭｱｰとして直接ｶｰﾄﾞを発行するﾌﾟﾛﾊﾟｰJCB(JCBｶｰﾄﾞ)の他に､
JCB付きのｾｿﾞﾝｶｰﾄﾞなどのJCB提携(契約)ｶｰﾄﾞがあり､
更にｾｿﾞﾝなどと提携している一次･二次ｶｰﾄﾞもありますが､
その場合も､提携ｶｰﾄﾞ会社は､提携ｶｰﾄﾞ発行業務や
提携ｶｰﾄﾞ会員(顧客)管理を担当するｲｼｭｱｰ部分に関与するだけなので､
JCB加盟店契約業務のｱｸﾜｲｱﾗｰの方はいずれもJCBが担当のようです｡
JCBがｱｸﾜｲｱﾗですので､ﾌﾟﾛﾊﾟｰJCBｶｰﾄﾞとJCB提携ｶｰﾄﾞのどちらを
加盟店で利用されても､ｱｸﾜｲｱﾗｰﾌｨｰはJCBの方に行きます｡
(※ｱｸﾜｲｱﾗｰﾌｨｰは､ｱｸﾜｲｱﾗの手数料のことです｡Fee=料金｡)
ただし､日本であってもVisa, Masterｶｰﾄﾞや提携ｶｰﾄﾞの持ち店舗などの場合は､
提携ｶｰﾄﾞ会社や一次･二次ｶｰﾄﾞ会社がｱｸﾜｲｱﾗの場合もあるそうです｡

ただし､ｲｼｭｱｰﾌｨｰの方は､ﾌﾟﾛﾊﾟｰJCBでないJCB提携ｶｰﾄﾞの場合は
その提携ｶｰﾄﾞ発行会社(ｲｼｭｱｰ)に行く場合がありますし､
ｶｰﾄﾞ年会費が必要な場合の年会費や､ｼｮｯﾋﾟﾝｸﾞでの分割ﾘﾎﾞ払いや
ｷｬｯｼﾝｸﾞを利用した場合の金利や手数料は､ﾌﾟﾛﾊﾟｰJCBでない場合は､
JCB提携ｶｰﾄﾞを発行した契約提携ｶｰﾄﾞ会社に行くので､
JCBがｱｸﾜｲｱﾗｰﾌｨｰを常に取っていてもﾋﾞｼﾞﾈｽが成り立つわけです｡
また､加盟店から受け取ったｱｸﾜｲｱﾗｰﾌｨｰの一部は､
提携ｶｰﾄﾞの場合は､ｲｼｭｱｰにも分配されています｡：
http://image.itmedia.co.jp/makoto/articles/0710/24/ay_cc03.gif

ご質問で､｢ｱｸﾜｲｱﾗの扱いがわからず､普段ｶｰﾄﾞを
利用していても見えない部分｣とおっしゃっている理由は充分納得できます｡
なぜなら､ｶｰﾄﾞﾕｰｻﾞｰは国際ﾌﾞﾗﾝﾄﾞとｲｼｭｱｰとは関係しますが､
ｱｸﾜｲｱﾗは普段ｶｰﾄﾞを使うﾕｰｻﾞｰ側ではなく､
JCBｶｰﾄﾞを扱う加盟店側のみに関与しているからです｡：
http://bizmakoto.jp/makoto/articles/0710/24/news028.html