何らかの原因で二つのﾌｧｲﾙのｴﾝｺｰﾃﾞｨﾝｸﾞに違いがあり､うまく貼り付けることができなかったのではないかと思います｡

Emacsではﾌｧｲﾙのｴﾝｺｰﾃﾞｨﾝｸﾞはﾊﾞｯﾌｧの左下に表示されます｡｢-E:--｣であれば日本語EUCでﾌｧｲﾙは保存されています｡｢E｣の部分が｢J｣であればJIS､｢S｣であればShift-JIS､｢U｣であればUTF-8です｡二つのﾌｧｲﾙのｴﾝｺｰﾃﾞｨﾝｸﾞを確認してみてください｡

もしｴﾝｺｰﾃﾞｨﾝｸﾞが異なるようであれば､ﾌｧｲﾙの保存に用いるｴﾝｺｰﾃﾞｨﾝｸﾞを変更します｡

保存に用いるｴﾝｺｰﾃﾞｨﾝｸﾞを変更するには､[C-x RET f]を押下します｡画面下にｴﾝｺｰﾃﾞｨﾝｸﾞの入力を求めるﾌﾟﾛﾝﾌﾟﾄが表示されるので､例えばUTF-8で保存したければ｢utf-8｣と入力しﾘﾀｰﾝｷｰを押下します｡Shift-JISであれば｢sjis｣と入力します｡

保存用ｴﾝｺｰﾃﾞｨﾝｸﾞの設定が済んだら､ﾌｧｲﾙを[C-x C-s]で保存します｡

これでｱｸﾃｨﾌﾞなﾊﾞｯﾌｧの内容が好みのｴﾝｺｰﾃﾞｨﾝｸﾞで保存できました｡

余談ですが､HTMLﾌｧｲﾙに｢<!-- -*- coding: utf-8 -*- -->｣のような､表示されないｺﾒﾝﾄを挿入しておくと､Emacsは紫色の部分を認識し､HTMLﾌｧｲﾙをそのｺﾒﾝﾄのｴﾝｺｰﾃﾞｨﾝｸﾞに従って保存/表示するようになります｡

興味があれば｢Emacs ｴﾝｺｰﾃﾞｨﾝｸﾞ｣｢Emacs ｴﾝｺｰﾃﾞｨﾝｸﾞ指定ﾌﾟﾗｸﾞﾏ｣で検索することをお薦めします｡