純粋な水素ガスは多くは石油のクラッキングからつくっています。
天然ガスとほぼおなじようなやり方で分離します。
ただ、アルコール燃料電池の場合は、アルコールからその場で作る場合があります。
作動温度についてはおなじような応答がありました。
燃料電池を動かすための作動(運転)温度が必要とのことですが、なぜ運... - Yahoo!知恵袋
結構化石燃料を使って作っているようです。
http://www.jari.or.jp/Portals/0/jhfc/column/story/09/index.html
記事を呼んでる限り、あまりエコに感じませんね。