こちらの資料にある「バックアップの保存先」に何か残っていないか確認してみてはどうでしょう。
iPhone、iPad および iPod touch のバックアップを iTunes で作成/削除する - Apple サポート
iPhoneにビデオを入れようとしたらiTunesに登録したはずのビデオ達も消えていました。(ビデオ自体はビデオファイルに残ってます)丸ごとiTunesのデータが消えたのかもしれません。
駄目元で復元ソフトなどで試してみるのはどうでしょうか
普通体験版もあるので、試してみる価値はあるかと。
iPhone用の復元ソフトなら、自動的にパソコンに残っているiTunesバックアップを検出するはずです。iCloudを利用しているのなら、iCloudからも復元可能。
また、削除されたiTunesのデータも、うまく行けばパソコン用のデータ復元ソフトで復元できるかもしれません。
例えばこのサイトが参考にできるかと。
http://www.transfer-iphone-recovery.jp/