旅行代理店で発券してもらおうが､特急指定券には変わりがないので､一回の乗車券変更は可能です｡
みどりの窓口か､指定席券売機で可能です｡
指定席券売機の場合には､扱えない指定券があるそうです｡

●同じ乗車日(注)･区間･金額において列車の変更が可能です｡
※変更が出来ないきっぷ

• すでに乗車変更した指定席券
• 値段の表示がない指定席券(『￥***』表示)
• 席の指定のない回数券
• 発車時刻を過ぎた指定席券 等

指定席券売機ご利用案内 ＞ 指定席券売機でできること：JR東日本

旅行代理店で発券したものは､裏に磁気が付いてるでしょうか｡
もし､磁気が付いてないやつだと､みどりの窓口での対応になります｡


使う列車を変えずに座席の変更だけだったら､｢一回のみ｣のしばりなしで変更できるみたいです｡
http://yossee.main.jp/ticket/cancel.html#P2
http://home.t01.itscom.net/jikoku/qa_henkou.htm#200204b
＃ JR のﾍﾟｰｼﾞから探したいところだったのですが､見つかりませんでした ＞＜


後､探してて気になったのは､こんなのがあるということ｡

■変更の取り扱いについて
【乗車変更】
○乗車変更(乗り越し､方向変更､経路変更)の取り扱いはいたしません｡別途乗車として取り扱います｡○指定列車及び座席の変更はできません｡○有効期間開始日の変更はできません｡

http://www.jrkyushu.co.jp/tabi/hayatoku/index.jsp

約款に一回までは無料で変更可能､と書いてあるのであれば､このようなやつには該当しないと思いますが｡