機嫌が悪いのは対象への理解度が比較的高い(相手の機嫌が悪い原因が予測できる)
気味が悪いのは対象への理解度が比較的低い(自分でもどうしてかわからないが違和感がある)
気持が悪いのは対象を問わない｡おそらく自分の問題でもある(理由はどうあれ違和感があるとの表明)

いいかえると

機嫌が悪いはﾀｲﾐﾝｸﾞが悪い
気味が悪いは場が悪い
気持が悪いは相性が悪い

｢機嫌が悪い｣は相手か自分かの人間の心の状態で､他の2つとはｼﾞｬﾝﾙが違う｡

｢気味が悪い｣と｢気持ちが悪い｣は､何かを見た･感じた時に思う気持ちで､似てるけど微妙に違う｡
殴り続けた相手がﾆﾔﾆﾔしていたとして｢気味が悪い｣というときは､何かこっちの知らない奥の手を隠してそう｡｢気持ちが悪い｣というときは､こいつはﾏｿﾞなんじゃないかみたいな､単に理解できない感じ｡
｢気味の悪い夜道｣は､幽霊とか強盗とか､なんか出てきそう｡｢気持ちが悪い夜道｣は､生あったかいとか､普通に嫌な感じ｡
だから､｢気味が悪い｣は､自分に何か害が及びそうな嫌な感じ｡｢気持ちが悪い｣は､自分に害が及ぶかどうかは､関係ない嫌な感じ｡だと思います｡

機嫌が悪いのは､人間の心の状態が怒りやすくなっている感じ｡
気持ちが悪いのは､理解できないとか､普通に嫌な感じ｡
気味が悪いのは､理解できないとかの嫌な感じ+予想のできない害が自分に及びそうな感じ｡

ってのはどうすかね？

機嫌が悪い
ｲﾗｲﾗ(虫の居どころが悪い､ﾌﾟｯﾂﾝの一歩手前)

気味が悪い
ｿﾞｯとする(不気味､正体不明で得体が知れない)

気持ちが悪い
ｷﾓｯ､ｷｼｮｯ(気色悪い､生理的に受け付けない)
ｵｴｯ(体調にまで影響が及ぶ)

機嫌が悪い ： 身体的な現象を原因としない､思考の悪化｡第三者から見ると､怒ってる感じ｡
｢今日は､ﾏﾏ機嫌が悪いから話しかけない方がいいよ､ﾊﾟﾊﾟ｣

気味が悪い ： 自分ではない対象を､不審な物や自分に害をなすものと認識している状態｡その原因を､論理的に説明できないときに特に使用する｡第三者から見ると､怖がっている感じ｡
｢あの墓地はいつも気味が悪い｡犬の散歩に行くと､誰もいないのに後ろから足音がする｣

気持ちが悪い ： 大きく2種類に分けられる｡
1 身体的に不具合があるために不快な状態｡吐き気とか頭痛とかﾌﾗﾌﾗするとか､身体的に説明できる場合｡または､｢そんなもを見る(触る)と気持ちが悪くなっちゃう｣という仮定から､不快な物体や環境を示す｡
｢飲みすぎて気持ち悪い｣
｢お前が吐きそうにするたびに､こっちも気持ち悪くなる｣

2 気味が悪いの置き換え｡または類似｡理解できない､若しくは受け入れがたい人物を｢気持ち悪い｣と評して排除する｡(最近の用法)
｢あの人ｵﾀｸなのよ｡気持ち悪い｣