Google Analyticsで｢参照元｣が正しく記録されない状態です｡他にお持ちのｻｲﾄが問題ないということは初歩的なﾐｽはなさそうですが､念のためﾄﾗｯｷﾝｸﾞｺｰﾄﾞの確認はしてみましょう｡
次にすべきはﾘﾌｧﾗの確認です｡
ﾄﾗｯｷﾝｸﾞｺｰﾄﾞを仕込んでいるﾍﾟｰｼﾞに､以下のようなjavascriptの処理を入れてみて､ﾘﾌｧﾗを確認してみてください｡
<script type="text/javascript"> window.alert(document.referrer); </script>
ご自分が期待されているようなﾘﾌｧﾗになっているでしょうか｡
質問の文面だけでは原因を特定できませんが､問題があるｻｲﾄではﾘﾀﾞｲﾚｸﾄをされているのではないでしょうか｡
例えば https から http へﾘﾀﾞｲﾚｸﾄした場合にはﾘﾌｧﾗはｸﾘｱされます｡
昔よく使われたお引越しﾍﾟｰｼﾞの meta refresh もﾌﾞﾗｳｻﾞによって､ﾘﾌｧﾗはｸﾘｱされるか､meta ﾀｸﾞが書かれたﾍﾟｰｼﾞがﾘﾌｧﾗになります｡
http://www.receptional.com/blog/how-to-redirect-and-keep-referrer-data-for-web-analytics
こちらもご参考になさってください｡
https://support.google.com/analytics/answer/1012042?hl=ja
http://web-tan.forum.impressrd.jp/e/2012/09/27/13735/page/1
＞1つのｻｲﾄだけ参照元の数が極端に少ない
1．ﾗﾝﾃﾞｨﾝｸﾞﾍﾟｰｼﾞが計測されていない(例.ﾌﾚｰﾑを使ったｻｲﾄでｺｰﾄﾞの埋め込み位置が間違っている｡)
2．ｱｸｾｽがｿｰｼｬﾙ(https)やｽﾏﾎｱﾌﾟﾘからがほとんど
