明確な違いや使い分けはないそうなのですが、ニュアンス的には、
点在する島をすべて一つの地域としてみる場合には「諸島」
密集している島々を一つの地域としてみる場合には「群島」
長く列を成す島々を一つの地域としてみる場合には「列島」
とするそうです。群島と諸島の違いは? といわれたら、それぞれの島が固まっているか離れているか、の違いでしょうかね。
【参考】
日本の諸島、群島、列島 - 日本の島へ行こう
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E5%B3%B6%E5%B6%BC
狭い地域に集中する2つ以上の島嶼の集まりを「島嶼群」、島嶼群の集まり、もしくは大規模な島嶼群を「諸島」という。諸島のうち列状に並ぶものは「列島」、塊状の形状をなすものは「群島」と呼ばれる。
つまり、諸島という大まかな区分があり、それをさらに細分化すると、列島に分類できる事もあったり群島に分類できる事もあったりするということのようです。