振り子の軸との接触部分を原子レベルで完全に平らにして、真空の箱の中で揺らしたら、エントロピーはどうなるんでしょうか
箱の中、つまり閉じた系です。
原子レベルで平らにするのは現代の技術では難しいと思いますが、思考実験として理論上は問題ないと思います。
そして、真空なので空気抵抗発生しません。
こうなると振り子のエネルギーは熱には変換されずエントロピーは増大しないように感じられます。
もちろん実際はエントロピー増大則は成り立つでしょうが、実際実験しようとすると一体何が邪魔するのでしょうか?