DocumentRoot配下にしかﾌｧｲﾙを置けない場合はその対応で良いです｡
もしDocumentRootの外側にﾌｧｲﾙをおける構成のｻｰﾊﾞなら以下のようにﾌｧｲﾙを配置しておけば外部から直接参照することが出来ないのは確実なのでより良いと思います｡何かの手違いで知らない間にｻｰﾊﾞ設定変更されて .htaccess が無効になってしまう可能性も無いとは言えませんので｡

↓例えばこんな感じで｡

/data/secret.txt ...外部からｱｸｾｽする必要のないﾌｧｲﾙは好きにおいても安心
/lib/setuzoku.php …publicの外側は外部からは直接ｱｸｾｽ不可
/public …このﾃﾞｨﾚｸﾄﾘ配下がDocumentRootとして公開されている
/public/index.php ...require('../lib/setuzoku.php'); のように読み込むようにする