売上を比較するのはわかりますが､製造は製造ｺｽﾄ(人件費)を原価に入れてなく､原料を原価に入れてあったため､粗利益が何倍も違いました｡ﾗﾝｸ付けは妥当？

ちょっとｽﾞﾚていたので訂正回答｡
異なる業種の部門同士で売り上げと祖利益を競わせてるけど
原料の計算もちがうので業種が異なるものを比べるのは意味がないんじゃ？ということですね｡
それは妥当な疑問だとおもいます｡
もしそれを理由にﾗﾝｸの低い部門だけ人件費を削られるとか
不合理な締め付けを受けるなら
経営陣の頭がかなり悪いので
早めに同業他社(専業)へ転職を考えたほうがいいかも｡
そうでなく､一応部門の数が多いから見やすくする会議資料としての位置づけなら､
まあないよりあったほうがいいとおもってつけてくれた資料でしょうね
というしかないです｡

＝＝＝＝＝＝古い回答
上場を狙うなら経営陣は必ず業種ﾗﾝｷﾝｸﾞを考えないといけないです｡
いってみれば､甲子園に出たりゆるｷｬﾗｸﾞﾗﾝﾌﾟﾘに出場する前準備のようなもの｡
他人と競争するときには
ﾆｯﾁだから無駄だとわかっていても､
周りのなかでどのへんにあたるかﾃﾞｰﾀをむりやり当てはめることを最初に
ﾄﾗｲしておかなければならないという意味です｡
現状存在する物差しでまにあわせるというか｡
IR情報の練習ですね｡

もしわけのわからない内容でも業績があがっていれば､10年後には
そのやり方をﾏﾈる人が続々でてきて､一大業界をなし､
有効な比較になるかもしれません｡
そのときには卸の部分は人件費をこうやって､飲料水は…
それぞれ違う加工をして足して…と物差しが固定されてくることもあるでしょう｡
今は全く同じことをしている人がいないのでは｡
ｵﾝﾘｰﾜﾝだとすれば､ﾌﾘｰﾀﾞﾑすぎてものすごく比較しづらいですが､
それでも最初から｢比較しようとさえしない｣のはﾀﾞﾒです｡

問題は､現状で上場しているか､会計士が入ってしっかりやっているかということ｡
もし経営陣がしっかりﾌﾟﾛにやらせた結果､
社員にはどういう比較かが皆目わからないのでも､
IR情報として筋がとおっていれば何の問題もありません｡
外部に見せるためのﾃﾞｰﾀですから｡
もし社長自身が会計の知識が薄いのに
勝手に適当な計算方法でやってるなら､
そんなﾗﾝｷﾝｸﾞはお金と時間の無駄です｡