実際に使ったことはありませんが、下記のページの「Tools」の所に十数個、紹介されています。
Windows Registry - ForensicsWiki
中には、Perl や Python 用のモジュールだったり、XML 形式でのインポート、エクスポートができるものとかがあるようです。
こちらが参考になると思います。
Is there a way to edit the Windows registry from Ubuntu? - Ask Ubuntu
LinuxでWindowsレジストリを編集する chntpwコマンド | nexia inc
あとはWine 上でregedit.exeを使うという方法もあります。