そのｻｲﾄには
＞｢同時にｽｸﾛｰﾙ｣ﾎﾞﾀﾝのｵﾝ/ｵﾌの切り替え
と書いてありますが，この操作を飛ばしていませんか｡

本について：
今月，世の中がまさにWindows10に切り替わるというﾀｲﾐﾝｸﾞなので
いまの時点での最新版や，7関連の本を買え
とはｱﾄﾞﾊﾞｲｽしづらいです｡
10が出れば，Windows関連のﾉｳﾊｳ本やWebｻｲﾄはごっそり入れ替わりますからね｡｡

http://www.geocities.co.jp/SiliconValley-SanJose/8165/winmerge.html

ﾌﾟﾗｸﾞｲﾝを用いれば Excelの比較もできます｡

目視でﾁｪｯｸするより確実ですよ｡

ｴｸｾﾙで､どこか1箇所違うんだけど､どこが違うのか判らないので比較して､どこがどう違うのか詳細に調べたい場合は､実はｴｸｾﾙ単体では無理です｡
私はいつも､次のようにして見つけています｡
(1)比較対象のﾌｧｲﾙAをｴｸｾﾙで開く
(2)Ctrl + a を何回か押して｢全て選択している状態｣にする
(3)Ctrl + c を押す
(4)ﾃｷｽﾄｴﾃﾞｨﾀの｢新規｣で新しいﾌｧｲﾙを開き､Ctrl + v する
(5)比較対象ﾌｧｲﾙBで(1)?(4)を行う｡
この時点で､ﾃｷｽﾄｴﾃﾞｨﾀの画面が2つ開いていて､それぞれﾌｧｲﾙAの中身とﾌｧｲﾙBの中身がｺﾋﾟｰされた状態になっています｡
これ以降はﾃｷｽﾄｴﾃﾞｨﾀのみを使用します｡
(6)それぞれのｳｨﾝﾄﾞｳで Ctrl + Home を押す
(7)ﾃｷｽﾄｴﾃﾞｨﾀの内容比較機能で相違点を探す(例えば秀丸ｴﾃﾞｨﾀでは｢ｳｨﾝﾄﾞｳ｣｢他の秀丸ｴﾃﾞｨﾀと内容比較｣)
これをすれば､何行目のどの文字が違うかまで判ります｡

ﾊﾞｰｼﾞｮﾝは異なりますが､手元にある､Excel2010で試してみました｡

結論から行くと､あくまで｢ｽｸﾛｰﾙ｣(ﾍﾟｰｼﾞ内に表示している行番号の範囲など)が連動するということのようです｡
要するに､ﾍﾟｰｼﾞ内のｶｰｿﾙ移動では､何も変わらないということ｡

ﾍﾟｰｼﾞの端まで行き､さらに矢印ｷｰを押すと､両方の画面が同時にｽｸﾛｰﾙするようです｡
また､ﾏｳｽのﾎｲｰﾙや､ﾍﾟｰｼﾞｱｯﾌﾟ､ﾀﾞｳﾝｷｰでも､同時にｽｸﾛｰﾙします｡

みなさんが言及されているとおり､ﾃｷｽﾄ比較ﾂｰﾙに頼るのがよいかと思います｡
｢diff ﾂｰﾙ｣､｢ﾃｷｽﾄ比較 ﾂｰﾙ｣､｢差分表示 ﾂｰﾙ｣などで検索されてみては？

この質問に､いちはやく回答してくださった皆さんに感謝します｡
実は､十数年前から契約している電話ｻﾎﾟｰﾄのｲﾝｽﾄﾗｸﾀｰに､
この問題のｱﾄﾞｳﾞｧｲｽを求めたところ､いまだに返答がありません｡

よほどの難問なのか､あるいは質問者が未熟なのか､迷っています｡
そこで､今回はﾍﾞｽﾄｱﾝｻｰを選ばず､検討中のまま終了します｡
あとで､似たような再質問をした折には､ぜひまたご協力ください｡