役所の協力が得られないのであれば、弁護士か司法書士か行政書士に相談しましょう。役所を相手にするプロは行政書士ですが、その後妹さんと揉めた場合のこと等を考えるなら弁護士の方がいいでしょう。
妹さんに尋ねる以外に無くて、妹さんに対してできる最大限の御礼は、相続放棄なのかなぁ。言い負かすのではなく、話を聴くという姿勢で、もう一度お話を。