自信がないので引用で｡

所有権移転登記の場合は共同申請主義ゆえ､敷地権の登記名義人から承諾を得る必要はありません｡詳しく説明すると､敷地権付きの区分建物をAがBに売却し､専有部分についてAからBに所有権移転登記を行う場合､AとBが共同して申請を行います｡そして､敷地権付きの区分建物について所有権移転登記が行われると､敷地についても所有権移転登記が行われたものとして扱われます｡したがって､敷地権の登記名義人Aから承諾を得る必要はないのです｡
この点､表題部所有者Aから所有権を取得したBが所有権保存登記を行う場合､所有権保存登記は単独申請ですからBが単独で所有権保存登記を申請します｡ですから､敷地権の登記名義人Aの承諾が必要となるのです｡

民法／建物区分所有法の敷地権について／宅建質問広場

ということのようです｡所有権を売買で取得しているのに単独申請なのが違和感ありますね｡