ディレクトリが変わるとは?またセッションの管理方法が明記されていません。
Cookie管理の場合は、
作成する際のパラメータで取得できないとかではないですか?
・path
・secure
※PHPマニュアル:http://php.net/manual/ja/function.session-set-cookie-params.php
ご確認ください。
ここに書かれているのと同じような話でしょうか。
PHP 5.3.3 - running session_start() in subdirectory kills existing session - Stack Overflow
この質問は未解決のままだけれど、最後の回答にあるようにwww.example.com と example.com の間でsessionが共有されてない、というような状況になっていないかチェックするといいかも。