一対の染色体上において､同じ座位にある一つの遺伝子の塩基配列の長さは､(例えば優勢遺伝子と劣勢遺伝子とで)異なるのが普通ですか？それとも同じなのが普通ですか？ …

まず､
☓優勢遺伝子と劣勢遺伝子
◯優性遺伝子と劣性遺伝子

さらに､私の理解が正しければ､遺伝子の場合の座位＝遺伝子座であり､

遺伝子に該当しないような塩基配列･遺伝ﾏｰｶｰの位置は座位(ざい)という｡
遺伝子座 - Wikipedia

従って､ご質問は､
対立遺伝子の塩基数は異なるのが普通ですか？それとも同じなのが普通ですか？
となると思います｡
(｢二倍体における対立遺伝子どうしの遺伝子座は同一である｣という前提で)

さて､これに対するお答えですが､同じなのが普通です｡
対立遺伝子の塩基ﾚﾍﾞﾙでの違いの多くは､一塩基多型 (Single nucleotide polymorphism : SNP) だからです｡

例をあげます｡
ｱﾙﾃﾞﾋﾄﾞﾃﾞﾋﾄﾞﾛｹﾞﾅｰｾﾞの ALDH2 遺伝子に､ALDH2-1 と ALDH2-2 があります｡
ALDH2-1 が優性で ALDH2-2 が劣性です｡
この2つの違いは､
ALDH2-1 AGTACGGGCT GCAGGCATAC ACTGAAGTGA
ALDH2-2 AGTACGGGCT GCAGGCATAC ACTAAAGTGA
(PCR法による遺伝子型の解析より)
と､塩基1個の違い(G と A)だけで､塩基数としては同じになります｡

で､この一塩基多型 (SNP) の頻度ですが､

SNPはﾋﾄｹﾞﾉﾑ上で最も数多く存在する多型で､平均約1000塩基ごとに一ヶ所みられ､おそらくｹﾞﾉﾑ全体では200万以上はあるとみられている｡
遺伝子多型とは？

だそうです｡

ご参考になれば幸いです｡

(ｼｮｰﾄｽﾄｰﾘｰ構想中)

追記です｡(2016年1月18日午後11時15分)

博士が助手に言った｡
｢新しい薬だ｡試してみんかね｣
三角ﾌﾗｽｺに入った緑色の液体を見せられた助手は､疑わしそうな目で博士の顔を見た｡
｢またおかしな薬じゃないでしょうね｡こないだの変身薬でどんだけ苦労したか｣
｢ま､科学の進歩には犠牲がつきものじゃ｡今度のはちょっと違うぞ｡下戸の君のために､特別に作った薬だ｣
助手は目を見はった｡
｢酒を飲んでも酔わない薬ですか？｣
｢原理を説明しよう｡この薬を服用すると､全身の細胞にある ALDH2-2 遺伝子の A を G に変えて ALDH2-1 にする｣
｢ｱﾙｺｰﾙをもりもり分解するんですね｣
｢その通り｡ﾎﾞﾄﾙ1本あけるくらい楽勝だ｣
｢美人だけど底なしのｸﾛﾖさんを酔い潰す事も……｣
｢赤子の手をひねるようなもんじゃろう｣
博士の言葉に助手は笑みを浮かべた｡
｢素晴らしい発明です｡初めて役に立つ物を作りましたね｣
｢私の知識と遺伝子薬学の粋を集めた結晶……今､何か言わなかったか？｣
｢あ､気にしないでください｡では早速｣
｢ただし､注意点がある｣
｢そらきた｡何です？｣
｢些細な副作用じゃよ｡同量のｱﾙｺｰﾙを薬なしで飲んだ場合に比べて､肝硬変になるﾘｽｸが569倍増えるだけだ｣
｢……｣
｢昔から言うじゃろう｡ｸｽﾘはﾘｽｸ､とな｣
｢失礼します｣

(了)