BOM の有無が変わっていないでしょうか｡
http://naifix.com/utf-8-bom/

私の経験ですが､ﾚﾝﾀﾙｻｰﾊﾞｰにｱｯﾌﾟﾛｰﾄﾞした際に文字化けしてしまい､
php.iniの設定を変更して文字化けを解消したことはあります｡

編集に使っているｴﾃﾞｨﾀが保存するときに文字ｺｰﾄﾞ変換をしている可能性はないでしょうか｡
編集せずに保存をした後のﾌｧｲﾙの文字ｺｰﾄﾞを確認してください｡

PHPの内容や出力するHTMLは､複数の人がその場しのぎで記述したような状態です｡
TITLEの後にMETAﾀｸﾞがあり､CSSをﾌｧｲﾙ指定し､METAがあり､CSSを記述し､またMETAがあり､長文のCSSがあり､JavaScriptがいくつか記述して･･･
charsetの記述もいくつかあり､CSSでは同じclassを何度も記述､PHPもｺﾒﾝﾄｱｳﾄしたり､途中は生きていたり､と､まともには読めず､整理も大変な状態です｡
こういった事が原因なのかもしれないのですが､修正が必要な部分が1か所だけですし､非常に複雑ではあっても現在のPHPは文字化けしていないので､文字化けさえ解消出来ればと思っております｡
もちろん､作り直す事をご提案していますが､取り急ぎ1か所だけ修正してほしいとの要望です｡

1．ｽｸﾘﾌﾟﾄ先頭でheader関数を実行させると文字化けが解消されることがあります｡

<?php
header("Content-Type: text/html; charset=UTF-8");
?>

2．文字ｺｰﾄﾞを変えてみます｡もしかしたら文字ｺｰﾄﾞを変えることで文字化けが解消されるかもしれません｡

3．FTPでｱｯﾌﾟﾛｰﾄﾞするときに別のｺｰﾄﾞに変換されているのかもしれませんので確認してください｡