私のカウンターでも、アクセス数だけしか生きていない状態です。
リンク元やドメインを参照すると、「アクセスが記録されておりませんでした」になります。
4月とかのデータを見ているので、以前は参照できた筈です。
というわけで、おっしゃるように「はてな側の障害」と思われます。
5/19(木)はてなの複数のサービスで、アクセスできない、もしくはデータ変更が反映されない障害が発生していました(復旧済み)
障害・メンテナンス情報 - はてな
と関係があるかもで「現在は復旧しております」とありますが、カウンターの方は完全復旧していないようです。
尚、作業の完了は明日5/20を予定しております。申し訳ございませんが、ご容赦いただきますようお願いいたします。
5/19 はてなカウンター障害情報 - はてなカウンター日記 - 機能変更、お知らせなど
だそうです。
完全復旧を待つしかないようですね。