私ならATX電源に直結します
まず、そのマザーボードは
500mAしか流さない前提でUSB周りの回路や基板を設計しているはずです
そこに1Aとかそれ以上の大電流を流すのは危険です
故障、発火しても不思議ではありません
さらにUSB回路のグランド側に500mA以上の電流を遮断するポリスイッチ(リセッタブルヒューズ)が付いている可能性もありますから、マザーボードにつなぐ作戦がそもそも不可能な場合もありえます
基板のパターンを追えば可能かどうかは判断できますがかなり面倒なさぎょうになると思います