<?php
function str_putcsv($csv, $c=',', $t="\n") {
 return implode($c, $csv).$t;
}

$csv = array_map('str_getcsv', file('a.csv'));

usort($csv, function ($a, $b) {
 if ($a[1] == $b[1])
 return $a[0] == $b[0] ? 0 : ($a[0] < $b[0] ? -1 : 1);
 else return $a[1] < $b[1] ? -1 : 1; 
});

file_put_contents('b.csv', array_map('str_putcsv', $csv));

>一番目に2列目を優先し 2番目に一列目を優先してｿｰﾄ
http://q.hatena.ne.jp/1465834502にあるcallback関数の部分を書き換えます｡
$a[1] == $b[1]の2列目が等しい場合のみ一列目の$a[0] == $b[0]を調べます｡

また1列目､2列目は文字列なのでstrcmpを使ったほうがｺｰﾄﾞはすっきりします｡
ただ数値が二桁以上だと正しく比較できません｡

usort($csv, function ($a, $b) {
$c = strcmp($a[1], $b[1]);
return $c == 0 ? strcmp($a[0], $b[0]) : $c;
}

csv配列を文字列化するためにstr_putcsvとしました｡
array_map('str_putcsv', $csv)の返値は配列なのですがfile_put_contentsが
全ての要素を出力してくれます｡