普通に｢都度払い｣ではなく｢月締め払い｣にして､請求書を｢6月分明細｣とかで発行してるんじゃないでしょうか｡
相手も普通の取引は月末締めが多いとおおもいます｡

月末締めにすればA社は月に1回(先月の合計額)しか振り込んでこないわけです｡たとえば､7月分のA社からの振込額が､7月頭にこちらからA社へ送付した6月分請求書(請求の明細つき)の合計額と会ってるかどうかを見るだけで済むので､定期的に多数の取引が発生する場合は､月末締めが多いとおもいます｡


月に一度をこえるふりこみがあったら相手も面倒で混乱する(担当者により振込時期が前後する)だろうとは思います｡
また通帳記入が面倒というより､
手元の請求書控えをしっかり保存してあとで見られるようにしておかないと､
最終的に支払い調書の源泉徴収額とかが判別しづらいので大変です｡
帳尻が合いやすい方法がいいです｡

請求書作成ｻｰﾋﾞｽ｢Misoca(ﾐｿｶ)｣
https://www.freee.co.jp/features/invoice_160621c?referral=acct_[docs]_(invoice):title]

銀行振込をする際に､名前の横にご注文番号を記入するというのはどうし... - Yahoo!知恵袋

取引の進化論 ? 小遣帳･家計簿･出納簿から売掛帳まで ?

【序論】 First, starting with recording.

会計の基本は､一件ごとに一枚伝票(ｴｸｾﾙで一行ﾚｺｰﾄﾞ)です｡
取引先ごとに､顧客台帳を作り､請求〆切日ごとに請求書を送ります｡
仕入先ごとに､仕入台帳を作り､請求〆切日毎に請求書を受取ります｡

1.見積書､2.納品書､3.受領書､4.明細書､5.請求書､6.領収証｡
取引の順序は､上記六段階(6枚複写)で､清算できない繰越もある｡
請求〆切日､支払予定日､入金確認日は､相手方の指定を優先する｡

月商30万までは自分で､それ以上は(家族など)専従者に委任し､
100万あたりで経験者(他社の経理課での勤務)と契約しましょう｡
(たとえば資本金1億円以上なら､公認会計士の有資格者が求められる)

【実論】 Who was added a zero?

最近の舛添事件は､著名な政治学者なのに､これを監査する会計士や､
検証した検事あがりの弁護士ともども､簿記の実務が欠落していました｡
記者の質問を｢しろうと呼ばわり｣したのは､自信のなさの結果です｡

たとえば､喫茶店が1800円の領収書を出したのに､帳簿に18000円と
記入したのは､誰かが｢ｾﾞﾛ｣を加えたからです｡万引きや痴漢ならば､
｢出来心｣とか｢魔が差した｣など弁解しても､これは確信犯なのです｡

1800円の領収証で18000円を受取ったのは誰か､その者を雇った者も､
その場で清算･返済させ､ただちに懲戒解雇すべき悪質な事犯です｡
危険物や薬物の調合を偽った者も､おなじように見逃すのでしょうか｡

【結論】 Every one, any time, any where.

かつては､名のある老舗商店との取引を通じて､書式やﾙｰﾙを学び､
おなじように真似ればよかったのですが､いまでは巨大企業であっても､
不合理な伝票やｼｽﾃﾑが横行し､商業高校や専門学校は旧態依然です｡

現時点での検証では､ﾏｲｸﾛｿﾌﾄのA4三折伝票がお手本であり､
NTTやﾏｽﾀｰｶｰﾄﾞの利用明細書が最悪です｡その他の各社では､
担当ｽﾀｯﾌや重役の脳内風景の多くが､想像を絶する暗黒状態です｡

以下に､十年来の過去回答(現代人の必須ｱｲﾃﾑ)をまとめました｡
http://note.chiebukuro.yahoo.co.jp/detail/n375123(20160207)
帳票入門 ? 総論･疑論･試論･実論･慨論･空論 ?

発注を受けた日付と納品の日付が逆転していたり､着手金のため即払われ､そうでないもの(翌月末)より先に払われたりします｡
また､確かに資金繰りの悪い会社の場合もあります｡
資金繰りの悪くない会社でも､請求日と振り込み日が逆転することがあります｡
当方の客がやや異常なのかもしれませんが､そうでない可能性もあり､おそらく頑張ってﾁｪｯｸしている会社もあるような気がしますが､当方は頑張れません｡
例えば､請求書に､振り込み人を貴社(銀行の通帳名義人)ではなく､｢＊＊＊＊＊(請求書番号)貴社名｣としてくれと言ったら､皆､快く同意してもらえるものでしょうか｡これはﾎﾟﾋﾟｭﾗｰな方法でしょうか｡

一番簡単な方法は､請求書毎に､口座番号を割り振る方法｡
請求書と口座番号が､1:1で紐付いています｡
口座番号Aに入金があったら､それは◯月◯日のX社に発行した請求書のものだとわかるということです｡
もちろん､そんなに大量の口座を持っているわけではなく､ﾊﾞｰﾁｬﾙな口座です｡
http://www.smbc.co.jp/hojin/eb/perfect/index.html
ただ､それなりの費用はかかりますけどね｡

その次のﾚﾍﾞﾙが､相手先毎に口座番号を発行するﾀｲﾌﾟのものです｡

また､これらは販売管理ｼｽﾃﾑとの連携が必須です｡
一番有名なのは美行ｼﾘｰｽﾞでしょうか｡
http://www.obc.co.jp/click/bugyo-i/akinai/
販売管理ｼｽﾃﾑと銀行のFBﾃﾞｰﾀを連携させることで消込を行い､
売掛金の管理を行います｡
売掛金の管理＝請求書発行時に､未入金分を自動的に繰越として計算してくれます｡

最近始まったｻｰﾋﾞｽが､Freee×JNBのｻｰﾋﾞｽ
http://www.japannetbank.co.jp/affiliate/ota.html
この価格は衝撃的です｡