普段使っていませんので､簡単に試して分かった内容の回答になります｡

eternicode/bootstrap-datepicker がおそらくｲﾝｽﾄｰﾙのために利用している robloach/component-installer のﾍﾟｰｼﾞに jQuery と normalize.css の使用例が載っています｡

robloach/component-installer

Using the Component

The easiest approach is to use the Component statically. Just reference the Components manually using a script or link tag:

<script src="components/jquery/jquery.js"></script>
<link href="components/normalize/normalize.css" rel="stylesheet">

script や link ﾀｸﾞを直接記述するか､Html ﾍﾙﾊﾟｰを利用して記述する事もできます｡

http://book.cakephp.org/3.0/en/views/helpers/html.html
｢Linking to CSS Files｣と｢Linking to Javascript｣に記載あり｡

日本語訳ﾄﾞｷｭﾒﾝﾄのﾍﾟｰｼﾞが未翻訳なので英語ですが､分からなければ 2.x の日本語訳も参考にしてください｡

http://book.cakephp.org/2.0/ja/core-libraries/helpers/html.html


ﾌﾟﾗｸﾞｲﾝのﾌｧｲﾙは､ components ﾃﾞｨﾚｸﾄﾘごと webroot ﾃﾞｨﾚｸﾄﾘにｺﾋﾟｰして置くか､ eternicode/bootstrap-datepicker をｲﾝｽﾄｰﾙし直してください｡
robloach/component-installer の設定でｲﾝｽﾄｰﾙするﾃﾞｨﾚｸﾄﾘを指定する事ができます｡
ｲﾝｽﾄｰﾙし直す場合は以下の作業を実行してください｡

1．CakePHP をｲﾝｽﾄｰﾙし直します｡
composer.json と composer.lock はそのまま残します｡

2．CakePHP に影響を与えない(Composerの情報を残す)為に eternicode/bootstrap-datepicker 用のﾃﾞｨﾚｸﾄﾘを作成します｡

3．作成したﾃﾞｨﾚｸﾄﾘに移動して､ eternicode/bootstrap-datepicker をｲﾝｽﾄｰﾙします｡
同じく composer.json と composer.lock はそのまま残します｡

4．composer.json を開いてconfig を追加します｡

Configuration

There are a number of ways to alter how Components are installed and used.

Installation Directory

It is possible to switch where Components are installed by changing the component-dir option in your root composer.json's config. The following will install jQuery to public/jquery rather than components/jquery:


Base URL

While component-dir depicts where the Components will be installed, component-baseurl tells RequireJS the base path that will use when attempting to load the scripts in the web browser. It is important to make sure the component-baseurl points to the component-dir when loaded externally. See more about baseUrl in the RequireJS documentation.

{
 "require": {
 "components/jquery": "*"
 },
 "config": {
 "component-dir": "public/assets",
 "component-baseurl": "/assets"
 }
}

Defaults to components.

component-dir にはﾌﾟﾗｸﾞｲﾝﾌｧｲﾙを作成するﾃﾞｨﾚｸﾄﾘを相対ﾊﾟｽで指定します｡
CakePHPのｲﾝｽﾄｰﾙﾃﾞｨﾚｸﾄﾘ直下に eternicode/bootstrap-datepicker のﾃﾞｨﾚｸﾄﾘを作成した場合は､"../webroot/example" とします｡
component-baseurl には､ｳｪﾌﾞ公開用ﾃﾞｨﾚｸﾄﾘﾙｰﾄからの絶対ﾊﾟｽを指定します｡
CakePHPの公開用ﾃﾞｨﾚｸﾄﾘが webroot ですから､webroot を起点として絶対ﾊﾟｽで指定します｡上記のようにした場合は "/example" となります｡

5．eternicode/bootstrap-datepicker をｲﾝｽﾄｰﾙします｡