どんなカスタマイズをやりたいのでしょう。質問にある metro-pirate は、style.css でスタイルをいじっているだけのようです。css でいじれる範囲であれば、このファイルになります。HTML の構造自体に手を入れたいのであれば、親の Metro CreativeX をさわることになります。サイドバーの <nav> タグの中身は、functions.php の metro_creativex_sidebar_display() で出力されているようです。