全く問題ないです｡TOPと記事ﾍﾟｰｼﾞのURLが違うとか､TOPはWPでHTMLﾍﾟｰｼﾞがあるとか､割と普通かと思います｡
あまりよろしくないです｡ｺﾋﾟｰｻｲﾄの判定などﾄﾞﾒｲﾝに対しての優良かどうかの判定が入ります｡ｺﾝﾃﾝﾂが優良だったとしてもTOPﾍﾟｰｼﾞのﾄﾞﾒｲﾝへの評価に寄与しません｡
TOPﾍﾟｰｼﾞのURLが､記事URLと全然違う場合､SEO的に不利なんでしょうか？