まず有価証券の購入自体は別に「経費」にはならないような。一旦個人の財布から出した場合は「事業主借」で事業側の会計に組み込む形になりますね。そこで売却益が出たらその分を「有価証券売却益」、売却損がでたらその分を「有価証券売却損」で計上じゃないでしょうか。この「有価証券売却損」については他の上場株式等に係る譲渡所得等の黒字の金額から控除できますが、その他の所得の金額からは控除できなかった気がします。