残念ながら、同時使用できないのは、PR-500KI のファームの問題なので、NTT に対して、PR-500KI の同時利用できるようにファームウェアの改善を要求し続けるしか方法はないとおもいます。
別の方法としては、PR-500KI の ルーター機能を使わないように(PPPoEブリッジに設定)して、ルーターとしての設定は、別途ルーターを用意して、ルーターで設定する方法があります。
業務用のルーターならほとんどの機種で、WoL と IPマスカレード設定は、同時設定は可能ですが、家庭用のルーターの情報は持っていないです。
参考までに...
うちでは、自宅LAN に出先から VPN 接続するために PR-500KI を光電話のゲートウェイ(+PPPoEブリッジ)として使って、ルーターは、YAMAHA の RT1200 (http://jp.yamaha.com/products/network/routers/rtx1200/) を使っています。
うちでは、VPN 接続しているので、LAN内と同じように WoL パケットを自由に送信できるため、設定していませんが、RT1200 で WoL の設定例 ( http://jp.yamaha.com/products/network/solution/custom_gui/custom_gui-wol-rtx1200/ ) も公開されていました。