質問の主旨と合致しているかどうか判りませんが、マイナンバーカードの中には少なくとも4つのアプリケーション(下記[2][3]を分けると5つ)があり、それぞれのアプリケーションには別々に暗証番号が設定されます。
[1] 券面アプリ
券面と同じ画像データを保存しています。
暗証番号はありません。
[2] 公的個人認証サービスによる電子証明書アプリ(署名用電子証明書)
電子申請等で使う電子署名用の証明書を保存しています。
6?16桁の英数字の暗証番号を設定します。
[3] 公的個人認証サービスによる電子証明書アプリ(利用者用電子証明書)
マイナポータルなどのログインに使う証明書を保存しています。
4桁の数字の暗証番号を設定します。
[4] 券面事項入力補助アプリ
個人番号や住所/氏名/生年月日/性別の4情報(券面にあるもの)のテキストデータを保存しています。
4桁の数字の暗証番号を設定します。
[5] 住基アプリ
住民票コードをテキストデータとして利用するための情報を保存しています。
4桁の数字の暗証番号を設定します。
[3][4][5]は同じ値にすることが可能です。
これらの暗証番号は交付時にそれぞれのマイナンバーカード内のアプリに設定します。
また、基本的には交付時に暗証番号を「自分で端末入力する」か「紙で書いて係員に渡して係員に入力してもらう」かを選択します。