社員旅行なので､おそらく道中はずっとみんなと一緒で､ある一日が自由散策時間として割り当てられていると仮定します｡
ﾎﾃﾙの場所によって､違ってくると思うのですが､
京阪清水五条?歩いて5分くらいで､清水寺｡
清水寺から､30分くらい清水寺の川端通りを上がって(北上)八坂神社が見えてきます｡(清水五条?祇園四条は一駅ですし､祇園四条から東に(括弧ばかりですが､四条通り))五分くらい商店街を歩けば八坂神社｡
で､それから､出町柳駅まで行き､ﾌｧﾗﾌｪﾙという､ｲｽﾗｴﾙ料理の店で食事をとって､出町柳からﾊﾞｽで金閣寺｡時間があれば､金閣寺通から､さらにﾊﾞｽで二条城という手があります｡
京阪沿線のみならば､出町柳から京都大学を抜けて哲学の道(正しいかなり遠い｡)か､出町柳から京都御所とかいかがでしょう｡

ﾊﾞｽが不安ならば京都駅に､ﾚﾝﾀﾙｻｲｸﾙがあるのでそれを使うのもありでしょう｡私は自転車を電車につんで走ったので利用したことがないので自信を持っておすすめはできませんが｡出町柳でもﾚﾝﾀﾙｻｲｸﾙがあったような…

http://www.kctp.net
https://tabelog.com/kyoto/A2601/A260302/26002350/

京都楽しんでくださいね｡

昔修学旅行生向けに回答したやつ http://q.hatena.ne.jp/1400583392
No.2さんと似たような内容｡
南禅寺と永観堂は1日目の予定に入ってるみたいですね｡

この時期はどこも混んでますが､通常のﾙｰﾄからはややはずれた三千院は人が少な目でおすすめ｡
人混みを気にしないなら清水寺のあたり?丸山公園･八坂神社?祇園を歩きながら神社やお寺や茶店をぶらぶらするのもいいですね｡高台寺あたりの風景はなかなかいいと思います｡この時期､夕方だと花灯路みたいなのをやってるはず｡夜間拝観もよいものですが､日程的に難しそうで残念｡

渡月橋が見たいなら､2日目は丸1日嵐山で過ごすようにした方が堪能できると思います｡早起きが苦痛でなく日程上無理でないなら鈴虫寺に行くと楽しいですよ｡
もっと早くにわかっていれば桂離宮の参観もおすすめでした｡当日受付もあるみたいなので興味があればﾁｬﾚﾝｼﾞしてもよいかと思います｡

神社やお寺より食べ物ということであれば､甘味は四条河原町や祇園あたりが充実しています｡京都駅でも大丈夫です｡
京都らしいもの､ということで十二段家(丸太町)でお茶漬けとか｡御所を見るのでない限り観光ﾙｰﾄからは外れてしまいますね｡御所?二条城あたりを回るならﾗﾝﾁにちょうどよいかと｡

趣は変わりますが､伏見稲荷も行ってみる価値はあります｡お酒が好きならそのあと伏見を散策して酒蔵を回るとか｡ﾗﾝﾁは鳥せいで｡
宇治にきれいになった平等院鳳凰堂を見に行くのもいいかもですね｡
紅葉が好きならものすごく混んでますが東福寺｡または鞍馬や貴船｡


ﾌﾟﾗﾝを決めるときは地図で場所をよく確認した方がよいです｡
ゆっくり楽しみたいならｴﾘｱは1つに絞りましょう｡朝から活動するな2ｴﾘｱくらいは回れると思います｡3ｴﾘｱはかなりしんどいです｡
ﾊﾞｽはものすごく混みます｡増発されますが途中のﾊﾞｽ停からは満員で乗れないこともあります｡確実な移動は電車で｡またはﾀｸｼｰ(MKかﾔｻｶがおすすめです)｡


11月は冬ﾓｰﾄﾞでいいと思います｡