環境変数の違いだと思います。
というような辺り。
Apache の定義でやるなら、mod_env モジュールでやります。
php から python を起動しているようなので、php から env コマンドを実行した結果と、ログインシェルで env コマンドを実行した結果を見比べて、SetEnv ディレクティブで調整してください。
■参考URL
https://httpd.apache.org/docs/current/en/mod/mod_env.html
https://docs.python.org/ja/3.6/using/cmdline.html#environment-variables