まずはじめに閉店撤去時はスケルトンが基本です。原状回復とは大家が貸した時の状態に戻すことなので大家が事務所のような状態で最初に貸していたのであれば言われた通り事務所のような状態にして撤去しなければなりません。もしもスケルトンで貸していたのであればスケルトンにするか大家の言う通り事務所のような状態のどちらかの撤去費用が安い方でいいと思います。居抜きで入ったのであれば本来は前に借りていた人が撤去する際にスケルトンにするはずのものを設備そのままであなたに譲ったことになるだけなので原状回復は最初に借りた人の状態に戻すことになります。契約書に原状回復と書かれている以上元の状態がスケルトンか事務所かをはっきりさせてからどちらかにして撤去するしかありません。
前の賃借人の立場を引き継ぐならその方が引渡しを受けた状態が原状でしょうけれど、別個の契約で単なる残置物なら、契約次第でしょうが、自分が取り付けたものは取り払って返すのが基本かと。
どちらも交渉の余地が無い訳ではないので、勿論、駄目なものは駄目ですが、契約書を確認し、不明な点や力に余る事は弁護士に相談する事をお勧めします。