Audacityを使用しての方法は分かりませんが､Sound Engineというﾌﾘｰｿﾌﾄのｽｸﾘﾌﾟﾄ機能を使用するのはいかがでしょう？
Sound Engineのｽｸﾘﾌﾟﾄについては以下のURLに詳しく書いてあります(頭にhをつけてください)
ttps://soundengine.jp/wordpress/soundengine_help/index/spec/script_spec/
ｽｸﾘﾌﾟﾄﾀﾌﾞのｽｸﾘﾌﾟﾄｴﾃﾞｨｯﾄに以下のｽｸﾘﾌﾟﾄをｺﾋﾟﾍﾟしてください(日本語部分にはやりたい処理に応じた数字などを代入)
[Folder Open]
[Noise Suppressor]
Param0=周波数
Param1=幅
Param2=ｽﾚｼｮﾙﾄﾞ
Param3=効果／原音
Param4=音量
[Folder Save]
Sec=None
Extension=保存したい形式(wavならwav)
そのあとｴﾃﾞｨｯﾄの右にある｢実行｣ﾎﾞﾀﾝを押して､処理したいﾌｧｲﾙをまとめたﾌｫﾙﾀﾞを入力ﾌｫﾙﾀﾞに選択し､保存先を選択してOKを押すと処理が始まります｡
何か不明な点やうまくいかないことがあった場合は上記のURLのｻｲﾄを参考にすればいいと思います｡