ちょうど一年くらい前に、同じようなことを思い立って、[ttp://www.jca.apc.org/sebs/:title=グラフ表示をするPerl-CGI]を作ったことがあります。自分も全くの素人の状態からはじめたので、つい応援したくなって出てきてしまいました。
自分の場合は、GD::GraphというPerlモジュールを使いました(たぶん入門書に載っているのもGDを使う方法だと思います)。GD::Graphを使うと、おっしゃっているように、入力項目とか、グラフの種類、フォント、線種等がいろいろ設定出来るのですが、モジュールを自由にインストール出来る環境がないと、ちょっと無理ですね。とすると、クライアント側で画像生成させるしかないので、上の回答者が紹介されているようなFlashやJava Appletによる方法になるかと思います。
最初は、id:orz66さんお薦めのcreatorofを使ってやってみて、うまく出来たら画像生成部分をもっと高機能なものに変えてみるというように段階を踏んだ方がよいと思います。
CGIとグラフ画像の間の理解があやふやなようですので、その部分の考え方だけ書きますね。
- CGIにてデータファイル(描画したいグラフの数値を書き込んだファイル)を作成する。(ここまでは出来ているのですね?)
- データファイルからグラフ画像ファイルを作成する。この部分はGDモジュールや外部ツールを使う。この画像ファイルは、GDだとgif/jpeg/png、creatorofならflashファイルを作ることになる。creatorofの場合、"data.txt"を変更すると自動的にflashファイル"LineGraph.swf"に反映されるので、"data.txt"を正しい書式で正しい場所に作れば、画像ファイル作成作業は完成です。
- htmlファイル中に出来た画像ファイルを配置する。gif/jpeg/pngならIMGタグ、flashならobjectタグなどで画像ファイルを指定する。このhtmlファイルそのものをCGI中で動的に生成することもある(質問者コメントの「拡張子がcgi」というのは、そういう処理をしているから)。creatorofの場合、見本のhtmlファイル"LineGraph.html"の中で、作成した"LineGraph.swf"を読み込んでいます。
- 自分の好きな場所に生成した画像を表示したい場合、上記のようにIMGタグやobjectタグを使って画像ファイルを指定すればOKです。
最後に、自分がGDを使うにあたってとても参考になったサイトを紹介しておきますね。ここのGD::Graph グラフ作成マシーンがやりたいことに近いのではないでしょうか。scriptも公開されています。GDを使わないとしても、CGIの解説が全般的な理解に役に立つと思います。http://x68000.q-e-d.net/~68user/webcgi/image-1.html