質問からだと「pukiwikiの限界が知りたい」のか「要件にあったpukiwiki的なツールがほしい」のかわかりませんでした。
とりあえずアクセス管理ができてプロジェクト管理に使いやすいpukiwiki的なものを置いておきます。
http://www.backlog.jp/
1プロジェクトなら無料ですが、仕事で使うなら有料版がいろいろできておすすめ。
subversionとの連動もあります。
>pukiwikiの便利なところと限界を教えてください。
>複数のプロジェクトについて文書の共有・掲示板を設置できて、
>それぞれのプロジェクトごとにアクセス制限ができて、
↑こちらは無理ですね。
>文書の容量が大きい(数百mb)が要件です。
XOOPSの使用をお勧めします。
プロジェクト毎にグループを作れば、グループ単位でアクセス制限が可能です。
XOOPSのwikiモジュールは以下があります。どれもPukiwiki互換(Pukiwikiベースで開発)です。
xpwiki
http://xoops.hypweb.net/modules/xpwiki/134.html
pukiwikmod
http://xoops.hypweb.net/wiki/159.html
B-wiki
http://xoops4u.sourceforge.jp/xoops/modules/wfdownloads/singlefi...
ファイル共有に関してはXOOPSのファイルマネージャーというモジュールを使われてはどうでしょうか。
PHPFM
http://www.rc-net.jp/xoops/modules/mydownloads/singlefile.php?ci...
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