http://nobumasa-web.hp.infoseek.co.jp/faq/boot_hdd/trouble.html#...
ブートとハードディスクFAQ集(トラブル編)
ウイルスではないと思います。
おそらくデュアルブートにした際boot.iniの記述が書き換わってしまったためかと。
上記を参考にしてためしてみてください。
NTカーネルに何か不具合があるようですね。
手っ取り早い方法はWindowsの再インストールですが。
http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=/directory/worldw...
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私もブート周りを弄っていた時に同じメッセージを見た事があります。根本的な原因はWindowsが想定していない(MSが推奨しない)シーケンスでブートしている事です。
http://nobumasa-web.hp.infoseek.co.jp/boot_hdd.html
ブートとハードディスクのすべて
まずはブート関係の情報を当たってみてはいかがでしょう。こちらのサイトが非常に詳しいです。
boot.iniを見ると、正しいパーティションを指しています。dirでみると去年の8/10以来変更されていないようです。