USやUSA（UnitedStates）のように2・3文字の短縮したアルファベットで日本を指すと、

2文字のコードはISO(International Organization for Standardization）によって作られたもので、広く使われており、ドメインネームなどもこちらですが、英語の表記として、他の短縮コードと間違えやすいときなど3文字コードを使います。会社によって、あるいはどこに表記されているかで使いわけられますので、例えば電話会社など、2文字を使っている会社と3文字を使っている会社と両方あります。国の種類が増えると3文字になる場合が多いようです。

Ｐ

オリンピックではJPNですが、世間一般では、JPが普通だと思います。

私は、各国の入国書類にはJPと書いてます。

どちらもISOで定義された正式な表記です。