Macで論文を作成している（した）方におたずねします。

生物医学系であれば、iPapersというPubMedで参照できる論文のPDFファイルを管理するためのアプリケーションがあります。CSVで論文リストを出力できますから、その後の加工は簡単でしょう。

こちらは、サーバ上に論文を溜めておくためのアプリケーションです。Linuxだけでなく、Mac OS XでもPHPが動作するようにしておけば使えます（使えるはず）。もちろん、論文作成に必要な文献リストの作成の省力化も可能です。

ただし、現在のところ、対応しているジャーナルが生物医学系ですので、こちらもそれ以外の分野ですと困りますね。

私はもっぱらこのPubmedmakerにお世話になっております。文系の文献でも整理して決められた形式に書き出すことはできそうです。

科研費申請には，このPubListmakerも便利そうです。

論文情報を手打ちでデーターベース化するだけなら、AppleWorksのデーターベース機能を使って作っていました。

一応、タブ区切りのテキストで書き出せるので、その後はなんとか整形処理まで持っていけるのではないでしょうか？　ただ、Endnoteのように番号を振るとかはちょっと難しいかもしれません。

私自身は、最近はMySQL +PHP on MacOS XでWebベースのデーターベースを作っていますが、1で紹介されたような高機能の物ではありませんし、これから自作しようとするとそれなりに時間を取られるので論文作製の妨げになるでしょう。

労力を考えるとちょっとがんばってEndnote学生版か、研究室と交渉して買ってもらうのが無難かもしれませんね。

＃引用数200くらいでフォーマットをかえる必要がないなら、テキストでも一回リストを作ってしまえばずいぶん楽になります（結局頭に入るので）。僕は結局そうしました。

あまり参考にならなくて申し訳ないです。