Illustrator10にて、クリッピングマスク自身に線と塗りの色設定を行い、印刷屋に入稿したところ、クリッピングマスクの線色が黒→白に変わってしまいました。

＞またIllustrator8.0、9.0にも不具合があり、制作されたデータが正常に処理出来ない場合があります。

とのことです。

基本的にはクリッピングマスクに線色を付けても印刷屋では出ないんじゃないかと思います。あまり詳しくないのですが、RIPの問題だと思います。こちらに出ている印刷屋さんのページからもごらんの通り、再現性がかなり違いますが、問題が起こることは確かです。

画面上で出ていても実際に出力すると出ないことはよくあることです。

どちらにしても印刷屋さんの出したプリント（校正紙、ですよね？）通りに出力されるのは確かなので、上記の通り、クリッピングマスクの上に同じ形で線：黒、塗：透明の図形を乗せるのが一番確かだと思います。